A park az Alpok közelében húzódik, ezért élővilága hegyvidéki jellegű, növényzetére a bükkösök, erdei fenyvesek jellemzőek. Sok helyen látni a feltűnő színű sárga liliomot, illetve a szintén sárgában pompázó zergeboglárt.
A park területén Szalafő őserdejében igazán érdekes tudományos megfigyelést végeznek. 1950 óta nem vágtak ki és nem ültettek fát a területen, mert azt vizsgálják, milyen természetes változások mennek végbe az erdő növénytársulásában.
A park gazdag állatvilágából kiemelhetjük, hogy körülbelül ezerötszáz lepkefaj él a területen. A ritka énekesmadarak közül a keresztcsőrű és a süvöltő is fészkel itt. A fenyveseket kedvelő, Magyarországon igen ritka keresztcsőrű nagyon sajátos megjelenésű madár, neve nagyon árulkodó: csőre jellegzetesen keresztbe áll, ezzel tudja ügyesen szétfeszíteni a tobozokat, melyekből így könnyen kiszemezgeti a magokat.
A Nemzeti Park egyik nagy vállalása a már kihalófélben lévő muraközi ló tenyésztése, illetve hogy a Hegy-völgy elnevezésű területre visszatelepítették a Magyarországon kihalt európai bölényt.